Chi Rubus là một chi rất phức tạp, cụ thể là trường hợp của phân chi Rubus, với các dạng đa bội, lai ghép và các dạng tiếp hợp vô tính ngẫu nhiên dường như thường xuyên xảy ra, làm cho phân loại loài với sự biến thiên lớn trong phân chi trở thành một trong những thách thức lớn đối với thực vật học hệ thống.

Các loài mâm xôi có số nhiễm sắc tể cơ sở là 7. Các dạng đa bội từ nhị bội (14 nhiễm sắc thể) tới thập tứ bội (98 nhiễm sắc tể) luôn tồn tại.

Một vài xử lý đã công nhận hàng chục loài cho mỗi cái mà các nhà thực vật học tương đối chuyên nghiệp từng coi là một loài tương đối biến thiên. Ngược lại, các loài trong các phân chi khác của chi Rubus nói chung là khác biệt, nhưng vẫn bị tranh cãi là chúng có phải một loài hay không, chẳng hạn như mâm xôi đỏ châu Âu và mâm xôi đỏ Mỹ là một loài hay hai. (Trong bài này, quan điểm 2 loài được tuân theo, với Rubus idaeus và R. strigosus đều được công nhận; nếu cghỉ coi là một loài thì tên gọi cũ hơn R. idaeus có ưu thế trong việc chọn tên khoa học cho loài nghĩa rộng.)

Các dữ liệu phân tử đã thực hiện việc phân loại lại dựa trên phân bố địa lý và số nhiễm sắc thể, nhưng các dữ liệu hình thái học như cấu trúc lá và thân cây lại dường như không tạo ra sự phân loại như kiểu của phát sinh loài[4]

Phân loại trong bài này công nhận 13 phân chi trong phạm vi chi Rubus, với phân chi lớn nhất (Rubus) được chia ra thành 12 đoạn. Các ví dụ được đưa ra cho từng đơn vị phân loại, nhưng còn nhiều loài không được đề cập tại đây.